Interne à l'entrepôt des données de santé, ça vous dit ?

On peut être interne en anesthésie-réanimation et choisir un semestre hors filière. C'est en tout cas le choix d'Adrien Parrot, qui se forme à l'utilisation des datas à l'entrepôt des données de santé (AP-HP). 

L’entrepôt des données de santé, vous connaissez ? Petite cellule de recherche sur les datas (une quinzaine de personnes y travaillent), elle colllige depuis au moins cinq ans les données de santé de l’AP-HP. « L’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP intègre les données administratives et médicales de plus de 8 millions de patients hospitalisés ou venus en consultation dans les 39 établissements de l’AP-HP », indique l’AP-HP sur son site. Parmi la quinzaine de personnes qui œuvre à l’EDS, Adrien Parrot, interne en anesthésie-réanimation. « Nous avons en effet droit de faire des parcours hors filière en santé publique », explique Adrien. Mais quel est donc l’objet de cet établissement relativement exceptionnel ? « L’idée, c’est de colliger toutes les données des systèmes d’information, l’ensemble des données des système d’information pour pouvoir faire du pilotage des données, avoir des indicateurs de taux d’occupation des lits, faire de la recherche, pour faire des analyses, jusqu’à des choses plus récentes comme du machine learning, etc. », explique Nicolas Paris, chef de projet à l’EDS. Pour tenir son rang à l’entrepôt des données de santé, Adrien Parrot a doublé son cursus médical, avec une formation aux langages informatiques (C, golang, python, SQL, web). "On y apprend les bases de la programmation, mais il reste beaucoup de choses à connaitre", explique Adrien Parrot, en parlant de l'école 42. 

Standardisation et visualisation des données de santé

Le travail effectué à l'EDS a pour principale finalité de mettre à disposition des données nettoyées aux médecins :  « Il est assez naturel que des médecins puissent faire des analyses et de la recherche à partir des données de santé. Il a fallu attendre une vingtaine d’années avant qu’il y ait une maitrise de ces données dans certains hôpitaux », explique l’interne. De manière pratique, Adrien travaille sur la standardisation des données de santé : "Un autre interne travaille sur la visualisation des données de santé." Pour Nicolas Paris, ingénieur de données de profession, "les internes nous apportent une connaissance médicale dont on est coupé. Ils ont tous une qualité de travail que l’on ne retrouve pas chez d’autres stagiaires. C’est vraiment important que les médecins s’approprient les technologies, ils voient ce qui se passe derrière les rideaux. L'EDS est une bonne école pour démarrer l’informatique."

Une longueur d’avance à l'AP-HP

Si l’AP-HP a pris une longueur d’avance, en matière de recueil des données de santé sur de nombreux autres établissements, il n’est pas le seul : « Aujourd’hui il y a 5 ou 6 hôpitaux qui ont des entrepôts de données de santé. » En quoi consiste le job d’un interne à l’EDS ? « Nous faisons des recueils quotidiens, nous nettoyons les données et les entreposons dans l’entrepôt de données pour y avoir accès facilement. L’objectif principal c’est de récupérer les données de santé de la meilleure façon sachant qu’il y a 800 applications à l’AP-HP; Nous devons aussi mettre en place des outils, de la sécurisation… », explique-t-il. À terme, les applications mises en place par l’entrepôt des données de santé devraient permettre à l’AP-HP de se libérer des logiciels propriétaires qu’elle utilise au quotidien, tant en ce qui concerne le système d’information que les bases de données. Et les développements sont nombreux. Selon l’AP-HP, « les usages de l’EDS se développent progressivement : plus de 7500 requêtes ont été réalisées via i2b2 dans plus de 150 services des établissements de l’AP-HP et près de 40 projets de recherche multicentrique ont été soumis à l’avis du Comité Scientifique et Ethique, parmi lesquelles des projets d’IA en santé avec développement d’algorithmes prédictifs, algorithmes d’aide au dépistage ou d’aide à la prise de décision médicale en cancérologie, en neurologie, en réanimation, ou encore dans le domaine du codage de l’activité hospitalière ». L’avenir est devant soi, à l’EDS. 

Portrait de Jean-Bernard Gervais

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