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À Turin et Milan, l’analyse des eaux usées conservées a montré la présence du Sars-Cov-2 dès décembre 2019, deux mois avant que le premier malade ne soit officiellement recensé en Italie. En France, cela n’a pas été possible, faute d’échantillons d’eau conservés, d’où le projet des instigateurs d’Obépine de créer une « aquathèque », comme l’ont expliqué ces derniers lors d’une conférence de presse, le lundi 16 novembre.
L’Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine), soutenu par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, vise à mettre sur pied un système d’alerte précoce. « Il regroupe aujourd’hui 7 laboratoires capables de faire des analyses et 150 stations d’épuration mises sous surveillance », a indiqué Vincent Maréchal, professeur de virologie.
C’est la présence du Sars-CoV2 dans les selles des patients symptomatiques - sans doute pour une durée excrétoire maximale de 4 semaines - mais aussi chez des personnes asymptomatiques qui explique que l’on retrouve du coronavirus dans les eaux usées arrivant dans les stations d’épuration. Bonne nouvelle : « Ce virus retrouvé dans les égouts, en provenance de notre tube digestif, n’est pas infectieux. Et selon l’Ifremer de Nantes, cela ne présente aucun risque sanitaire qui rendrait impropre la pêche et la consommation de coquillages », a précisé Vincent Maréchal.
Un temps d’avance sur l’épidémie
Comment cette surveillance permet-elle d’évaluer le niveau de circulation d’un virus ? Illustration par un exemple : en Ile-de-France, l’analyse des eaux usées à raison de deux fois par semaine depuis le 5 mars a permis d’observer une concentration du virus multipliée par plus de cent au mois de mars. Puis, cette concentration a fortement diminué pendant le confinement, avant une nouvelle augmentation à la fin de l’été. L’analyse de ces courbes vise à concevoir un modèle mathématique faisant le lien entre la concentration du virus dans les eaux usées et le nombre de porteurs du virus. Un modèle qui permettrait de donner l’alerte avec 5 à 6 jours d’avance sur la reprise de l’épidémie dans un quartier, un Ehpad, etc.
L’exemple de l’Ile d’Yeu
Dans ce territoire un peu coupé du reste du monde, la station d’épuration a été mise sous surveillance en juillet dernier. Le 3 août, peu après que les eaux testées soient devenues positives au Sars-CoV2, l’ARS installe un centre de dépistage qui permet de repérer et isoler six personnes asymptomatiques porteuses du Covid-19. Puis, la surveillance met en évidence au cours du mois d’août une augmentation très régulière du virus dans les eaux usées, le reflet de la présence d’un grand nombre de vacanciers sur l’île. Des capteurs passifs faits de membranes de nylon sont notamment installés pour capturer le virus.
Un avantage non négligeable de ce dépistage est son coût, inférieur à celui des tests PCR individuels, qu’il ne remplace en aucun cas mais peut compléter. Un test PCR sur un échantillon d’eau coûte environ 250€ et renseigne sur le statut virologique de groupes de milliers d’habitants, versus 74€ pour une PCR individuelle.
Pour en savoir plus : https://lejournal.cnrs.fr/articles/covid-19-pister-le-virus-dans-les-eaux-usees