Prescriptions, indemnités journalières, téléconsultation : ce que la Cour des comptes dit vraiment du contrôle des médecins

Un rapport comptable aux constats très médicaux

Soyons clairs d'emblée : ce document certifie les comptes, il ne juge pas les pratiques. Mais pour certifier ces comptes, la Cour examine la qualité du contrôle interne de l'Assurance maladie. Et sur la branche maladie, 262,7 milliards d'euros de charges en 2025, le constat est sévère. Faute d'un contrôle interne suffisamment efficace, estime la Cour, « les comptes de la branche maladie reflètent imparfaitement ses droits et obligations à l'égard de ses principaux tiers, les professionnels de santé, les établissements et les assurés ».

Le vrai sujet n'est pas moral, il est systémique : l'Assurance maladie peine à fiabiliser les flux de facturation, les prescriptions, les arrêts de travail et certains contrôles médicaux. 

Facturations et télésanté : des zones de fragilité, pas de fraude

En 2025, 23 % des prestations sont remboursées sans la présentation conjointe de la carte Vitale et de la carte du professionnel. Ces flux dégradés sont moins robustes, donc plus difficiles à contrôler. La Cour reconnaît d'ailleurs que « la majorité d'entre elles sont cochées en impossibilité de signer du fait notamment des limites des outils informatiques utilisés par les professionnels de santé ».

Sur les téléconsultations, 302,1 millions d'euros remboursés en 2025, même logique. Le rapport pointe l'écart entre la progression des usages et la capacité de l'Assurance maladie à vérifier que les conditions de remboursement sont respectées, soulignant que le contrôle « sur les conditions de prise en charge est insuffisant ». Plus globalement, les contrôles a posteriori représentent seulement 0,1 % des liquidations en 2025, largement insuffisant pour compenser les lacunes du contrôle automatisé.

La e-prescription : un prérequis devenu central

La prescription dématérialisée n'est plus seulement un outil administratif. Elle est devenue, dans la logique de l'Assurance maladie, une brique centrale du contrôle des dépenses. Or malgré une généralisation prévue au plus tard le 31 décembre 2024, la Cour constate que « le taux de création et d'exécution des prescriptions dématérialisées par les professionnels de santé reste limité ».

Sans rapprochement automatique prescription-facturation, les contrôles a posteriori ne compensent pas, ils portent eux-mêmes sur « un nombre minime de facturations ». Cette zone d'incertitude pèse directement sur la certification des comptes et laisse persister une incidence financière estimée à 3,4 milliards d'euros pour les seules erreurs résiduelles sur les prestations en nature (contre 3,3 milliards en 2024). Ces anomalies ne sont pas toutes imputables aux médecins, elles peuvent concerner des transporteurs, des pharmacies, des caisses ou des outils informatiques, mais elles impliquent bien, dans plusieurs cas, la chaîne de prescription.

Arrêts de travail : 12,8 milliards d'euros sous surveillance accrue

C'est probablement le chapitre le plus sensible. Les indemnités journalières représentent 12,8 milliards d'euros en 2025, dont 11,6 milliards au titre des arrêts maladie. Plusieurs failles sont identifiées : plus d'un quart des IJ ne bénéficient pas de la fiabilisation permise par la déclaration sociale nominative, et l'obligation du Cerfa sécurisé n'a été pleinement appliquée qu'en octobre 2025, soit trois mois après le délai réglementaire. La Cour note également que l'interprétation de la CNAM sur certains délais de transmission est « plus accommodante que la réglementation, ce qui induit des prises en charge sans possibilité de contrôle » et génère une majoration des dépenses.

Une nouvelle campagne nationale a été lancée ciblant les médecins ayant prescrit un nombre d'arrêts jugé anormalement élevé, avec une procédure de réduction des prescriptions à la clé. Nuance essentielle : la Cour ne les qualifie pas de fraudeurs, et précise que les résultats de cette campagne n'ont pas encore pu être audités. Quant aux erreurs résiduelles sur les IJ, estimées à 400 millions d'euros pour l'ensemble des risques et 231 millions pour la seule branche maladie hors travailleurs indépendants, elles portent principalement sur l'incohérence des périodes d'indemnisation et le calcul du salaire de référence. Et dans les trois quarts des cas, elles sont en défaveur de l'assuré. Un détail qui évite toute lecture à sens unique.

https://www.whatsupdoc-lemag.fr/article/centres-de-sante-fictifs-medecins-complices-donnees-volees-comment-la-fraude-lassurance

Au fond, trois constats se dégagent. D'abord, les médecins sont au cœur de plusieurs flux que l'Assurance maladie contrôle encore imparfaitement : prescriptions, arrêts de travail, télésanté, justificatifs, demandes d'accord préalable. Ensuite, le problème décrit n'est pas principalement moral, mais organisationnel et informatique : les outils ne permettent pas toujours de rapprocher automatiquement prescription et facturation, les contrôles a posteriori sont faibles, les pièces justificatives manquent encore dans certains dossiers, et les dispositifs de contrôle médical ne couvrent pas l'ensemble des risques. Enfin, la pression sur les médecins prescripteurs risque probablement de continuer à augmenter, la campagne ciblant les forts prescripteurs d'arrêts de travail en est le signal le plus visible.