Dr William Berrebi : « Le microbiote va révolutionner la médecine, les médecins doivent comprendre l’enjeu pour leurs patients »

Les Journées officielles de médecine microbiotique (JOMM) se tiendront à Paris les 2 et 3 octobres prochains, avec une journée spécifiquement destinée aux professionnels de santé, suivie d’une journée grand public. À l’origine de ce congrès : le Dr William Berrebi, gastro-entérologue et hépatologue parisien, est l’un des pionniers - si ce n’est l’inventeur - de la médecine microbiotique en France, à laquelle il a consacré plusieurs ouvrages. 

What’s up Doc : Qu’est-ce que recouvre exactement la médecine microbiotique ? Une nouvelle discipline à part entière ou une simple grille de lecture supplémentaire ? 

William Berrebi : C’est tout cela à la fois. J’aime parler d’une « science nouvelle ». J’étudie le microbiote depuis 2010 et j’ai créé mes premiers protocoles il y a dix ans, avec des probiotiques, des prébiotiques et le rééquilibrage de certaines carences, comme la vitamine D. Aujourd’hui, moi qui pratique aussi une gastro-entérologie plus classique, je suis convaincu que c’est comme cela que l’on doit, et que l’on devra, soigner les humains dans les années qui viennent. 
Il y aura un avant et un après. Le monde d’avant, c’est le monde d’aujourd’hui : une vision très cloisonnée du corps humain, avec un cœur, des poumons, des reins, et un spécialiste pour chaque organe. Or un humain, ce n’est pas seulement cela : c’est aussi un microbiote intestinal, avec 39 000 milliards de bactéries qui communiquent avec tous les organes et régulent la santé humaine.

À quoi ressemble une consultation de médecine microbiotique ?

WB. : Elle commence par ce qui, selon moi, n’est plus suffisamment fait en consultation : retracer tout l’historique du patient. Il faut repartir de l’enfance : les maladies, les médicaments pris au cours de la vie, les antibiotiques, les antidépresseurs, les anti-inflammatoires, mais aussi le passé chirurgical et médical. Tout cela peut impacter fortement le microbiote intestinal. Si on n’a pas ces éléments, on ne peut pas comprendre pourquoi un patient développe, à un moment donné, une dysbiose intestinale, puis un certain nombre de troubles « apparemment » sans explication. En réalité, beaucoup d’explications viennent de l’interrogatoire et du décryptage de l’histoire du patient. 
Or, en pratique, cela n’est pas toujours suffisamment fait. Les consultations sont très rapides, l’interrogatoire est souvent insuffisant et la partie clinique parfois court-circuitée au profit des examens d'imagerie. Cela s’explique, mais ce n’est pas bon pour bien soigner. Dans une médecine de qualité, les examens complémentaires complètent le diagnostic : ils ne doivent pas remplacer l’interrogatoire et l’examen clinique.

« Les généralistes manquent de temps pour se former, et beaucoup de gastro-entérologues restent très centrés sur les examens classiques »

Que faites-vous ensuite, une fois cette première étape réalisée ?

WB. : En fonction de l’orientation diagnostique, je prescris des examens ciblés. Je dose aussi certains paramètres qui jouent un rôle dans l’équilibre du microbiote : vitamine D, oméga-3, zinc, sélénium... En cas de carence, le microbiote peut être déséquilibré. L’objectif est donc de corriger les facteurs qui peuvent contribuer à cette dysbiose. Ensuite, en fonction du tableau clinique, j’utilise tel ou tel protocole, que j’ai détaillés dans mon premier livre, Médecine microbiotique. J’ajuste l’alimentation, et je peux aussi prescrire des probiotiques en gélules selon la pathologie concernée.

Créer aujourd’hui ces Journées officielles de médecine microbiotique signifie que la discipline est arrivée à un niveau de maturité suffisant pour que les médecins s’en emparent ?

WB. : Déjà oui, et surtout parce qu'il existe encore une grande méconnaissance du sujet chez les médecins. Les médecins de plus de 45 ans n’ont jamais entendu parler du microbiote intestinal pendant leurs études, puisqu’il n’a été identifié de façon précise qu’à partir de 2010. Les généralistes manquent de temps pour se former, et beaucoup de gastro-entérologues restent très centrés sur les examens classiques. Nous sommes dans une phase d’infusion, mais il faut maintenant diffuser. Les médecins doivent comprendre l’enjeu pour les patients. Nous avons des moyens simples et dénués de risques pour agir sur le microbiote. Il faut qu’ils se forment pour pouvoir en faire bénéficier leurs patients.
Le grand public, lui, est déjà très sensibilisé. Les patients sont touchés au premier chef par l’errance médicale. Quand la médecine traditionnelle ne résout pas leurs problèmes, ils cherchent ailleurs. Et parfois, ils tombent dans les pièges des naturopathes, des influenceurs, des compléments alimentaires inutiles ou des tests non validés. L’objectif est aussi de remettre de la rigueur scientifique dans ce champ.

« Les microbiotes constituent le premier réseau social interne de l’humanité »

Quels thèmes seront abordés pendant ces journées ? D’autant qu’une d’entre elles est spécifiquement dédiée aux professionnels de santé...

WB. : Le programme sera large. Il y aura notamment des interventions sur le microbiote intestinal, la nutrition, les probiotiques, les prébiotiques, la transplantation fécale, les tests de microbiote fécal, Le French Gut*, mais aussi les infections gynécologiques et les microbiotes vaginal et urinaire. L’idée est de poser les bases pour les médecins et de leur donner une vision transversale du sujet, car la médecine microbiotique est une discipline transversale. C’est une forme de médecine interne à l’échelle microscopique. Les bactéries sont interconnectées, elles circulent dans l’organisme et s’influencent les unes les autres. Le microbiote intestinal dialogue avec la peau, le cerveau, le foie, le vagin… Il ne faut donc pas raisonner uniquement organe par organe. Le microbiote intestinal reste le chef d’orchestre, mais il envoie des informations dans tout le corps. J’aime dire que les microbiotes constituent le premier réseau social interne de l’humanité.

* ndlr : Le French Gut est un projet national de sciences participatives piloté par l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’environnement et l’alimentation (INRAE) et l’AP-HP. Il vise à recueillir, d’ici 2027, les échantillons de selles et les données nutritionnelles et cliniques de 100 000 volontaires adultes vivant en France métropolitaine, afin de mieux comprendre les liens entre microbiote intestinal, alimentation et santé.

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Le microbiote est aussi devenu un marché très à la mode. Comment distinguer ce qui est validé scientifiquement de ce qui relève encore de l’exploratoire ?

WB. : C’est tout l’enjeu, et cela suppose une vraie rigueur scientifique. Aujourd’hui, beaucoup de gens ont compris que les probiotiques pouvaient avoir un intérêt pour la santé humaine. Mais ce qui reste mal compris, c’est la question des souches. Il n’existe pas de probiotique universel. On ne va pas utiliser les mêmes souches pour un intestin irritable, des infections gynécologiques, le stress ou d’autres indications. Je m’appuie donc sur les travaux mondiaux sur le microbiote, et regarde, pathologie par pathologie, quelles souches ont été étudiées, sur combien de patients, avec quels résultats. Quand les données sont solides, je cherche si ces souches sont disponibles commercialement. Ce n’est pas une question de marque. Ce qui compte, c’est la souche. 
Par ailleurs, je suis très critique sur les tests de microbiote fécal vendus aujourd’hui par certains laboratoires ou start-up. Ils ne reposent pas encore sur un référentiel assez solide pour être interprétés correctement à l’échelle individuelle. C’est tout l’intérêt de projets comme Le French Gut, qui doit permettre de mieux définir ce qu’est un microbiote intestinal normal selon l’âge, l’histoire médicale et l’état clinique des patients. 

Quel message souhaitez-vous adresser aux médecins qui connaissent le microbiote, mais ne savent pas comment l’intégrer à leur pratique ?

WB. : Il faut qu’ils comprennent que c’est une science nouvelle, qui va révolutionner la médecine. Elle évolue vite, et nous avons déjà suffisamment de données concrètes, applicables et simples pour en faire bénéficier les patients. Cette approche doit permettre de mieux soigner, avec plus d’efficacité. Il ne s’agit pas seulement de traiter les symptômes, comme c’est souvent le cas, mais de s’intéresser à la cause du problème. Et cela passe, selon moi, par le microbiote intestinal.

Rendez-vous aux Journées Officielles de Médecine Microbiotique les 2 & 3 octobre 2026 à Paris, inscrivez-vous